第二炮兵指挥学院不断完善人才培养质量控制体系，研究生教育逐步由学术型向应用型、数量规模型向质量效能型转变，1篇博士研究生论文入选全国博士生学术论坛，硕士论文连续3年入选全军优秀硕士论文，在军种指挥院校中位居榜首。

　　该院对影响研究生质量的招生、课程学习、中期筛选、论文答辩和学位授予等各个环节制定了具体的质量管理目标。学院还先后制定了“研究生管理淘汰办法”、“研究生中期考核实施办法”等规章制度，提高了研究生的综合素质和创新能力。